如何在 R 中执行 Tukey HSD?


在进行后设分析时,必须记住的第一件事是方差分析的零假设必须被拒绝,这样我们才能声称组均值存在差异。现在,一旦我们实现了这一点,就可以简单地使用基本 R 中的 TukeyHSD 函数来执行 Tukey HSD。

示例

考虑以下数据帧 -

 在线演示

x1<-rep(LETTERS[1:4],5)
y1<-rep(c(5,2000,30,99),5)
df1<-data.frame(x1,y1)
df1

输出

  x1 y1
1  A 5
2  B 2000
3  C 30
4  D 99
5  A 5
6  B 2000
7  C 30
8  D 99
9  A 5
10 B 2000
11 C 30
12 D 99
13 A 5
14 B 2000
15 C 30
16 D 99
17 A 5
18 B 2000
19 C 30
20 D 99

示例

执行方差分析 -

ANOVA<-aov(y1~x1,data=df1)
summary(ANOVA)

输出

Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
x1 3 14361185 4787062 1.07e+32 <2e-16 ***
Residuals 16 0 0
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

示例

执行 Tukey HSD -

TukeyHSD(ANOVA)

输出

Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = y1 ~ x1, data = df1)
$x1
diff lwr upr p adj
B-A 1995 1995 1995 0
C-A 25 25 25 0
D-A 94 94 94 0
C-B -1970 -1970 -1970 0
D-B -1901 -1901 -1901 0
D-C 69 69 69 0

示例

考虑基本 R 中的 PlantGrowth 数据 -

 在线演示

str(PlantGrowth)

输出

'data.frame': 30 obs. of 2 variables:
$ weight: num 4.17 5.58 5.18 6.11 4.5 4.61 5.17 4.53 5.33 5.14 ...
$ group : Factor w/ 3 levels "ctrl","trt1",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

示例

 在线演示

head(PlantGrowth,20)

输出

 weight group
1 4.17 ctrl
2 5.58 ctrl
3 5.18 ctrl
4 6.11 ctrl
5 4.50 ctrl
6 4.61 ctrl
7 5.17 ctrl
8 4.53 ctrl
9 5.33 ctrl
10 5.14 ctrl
11 4.81 trt1
12 4.17 trt1
13 4.41 trt1
14 3.59 trt1
15 5.87 trt1
16 3.83 trt1
17 6.03 trt1
18 4.89 trt1
19 4.32 trt1
20 4.69 trt1

执行方差分析 -

示例

 在线演示

ANOVA<-aov(weight~group,data=PlantGrowth)
summary(ANOVA)

输出

Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
group 2 3.766 1.8832 4.846 0.0159 *
Residuals 27 10.492 0.3886
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

示例

执行 Tukey HSD -

TukeyHSD(ANOVA)

输出

Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = weight ~ group, data = PlantGrowth)
$group
diff lwr upr p adj
trt1-ctrl -0.371 -1.0622161 0.3202161 0.3908711
trt2-ctrl 0.494 -0.1972161 1.1852161 0.1979960
trt2-trt1 0.865 0.1737839 1.5562161 0.0120064

更新于: 08-12-2020

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