R 编程中的 DBSCAN 聚类是什么?


介绍

聚类分析是机器学习和数据挖掘中的一项基本技术,它可以识别模式并将相似的数据点分组在一起。在各种聚类算法中,基于密度的噪声应用空间聚类 (DBSCAN) 作为一种强大的工具脱颖而出,它可以自动发现任意形状的聚类。在本文中,我们将探讨 DBSCAN 背后的概念,并通过清晰简洁的代码示例演示其在 R 编程中的实现。

DBSCAN 聚类

在处理包含不同密度或不规则形状聚类的数据集时,DBSCAN 尤其有价值。与 K 均值或层次聚类等其他传统聚类技术不同,DBSCAN 是根据密度可达点而不是预定义的距离阈值来确定聚类的。

DBSCAN 的关键参数

  • Epsilon (ε):两个相邻点之间被认为属于同一聚类的最大距离。

  • MinPts:在 ε 距离内所需的最小相邻点数,才能将一个点分类为核心点。

  • 边界点:位于 ε 半径内但没有足够的邻居被视为核心点的点。

  • 噪声点:远离任何聚类的离群值。

DBSCAN 聚类的优势

  • 能够处理噪声:与 K 均值或层次聚类等其他一些聚类算法不同,DBSCAN 可以有效地处理噪声数据,将其视为离群值或噪声,而不是强制将其放入特定的聚类中。

  • 聚类形状检测的灵活性:传统方法通常假设球形或凸形聚类。但是,DBSCAN 擅长识别具有复杂形状和不同密度的聚类,而无需事先假设。

  • 自动确定聚类数量:与 K 均值等需要预先指定所需聚类数量的方法不同,DBSCAN 不需要事先了解结果聚类的数量 - 它会自动发现最佳数量。

  • 对参数选择的鲁棒性:虽然涉及参数(epsilon 和 minPts),但它们具有直观的解释,与许多其他聚类算法相比,更容易调整。

  • 可扩展性强,适用于大型数据集:通过巧妙地利用 k-d 树或 R 树等索引结构以及高效的基于密度的计算,DBSCAN 可以很好地扩展到高维数据或大型数据集。

使用 DBSCAN 的缺点

  • 参数敏感性:为 epsilon (ε) 和 minPts 选择适当的值至关重要但也具有挑战性,因为这些参数在很大程度上取决于数据集特征,例如底层密度分布。选择不合适的值可能会导致聚类合并或创建太多小的、不重要的聚类。

  • 对于密度变化的数据集效率低下:传统的 DBSCAN 难以处理密度在不同区域差异很大的数据集。虽然有改进的 DBSCAN 等修改版本试图解决此问题,但它们可能会以增加计算复杂性为代价。

  • 难以处理高维数据:与许多聚类算法一样,DBSCAN 在应用于高维数据集时也面临挑战,这是由于“维度灾难”。在这种情况下,在应用 DBSCAN 之前可能需要特征选择或降维技术。

R 编程实现层次聚类

DBscan 聚类是通过借助欧几里得距离计算距离来实现的。以下代码将在鸢尾花数据集上执行 DBSCAN 聚类,然后使用散点图绘制结果聚类,并以紫色突出显示聚类。

算法

步骤 1:首先,我们需要安装并加载样本数据集。

步骤 2:在聚类之前,需要进行数据预处理。如果存在,我们可能需要标准化变量或处理缺失值。

步骤 3:根据所选指标(例如欧几里得距离或曼哈顿距离)计算观测值之间的差异或距离。

步骤 4:创建 DBSCAN 聚类,我们已经准备好距离矩阵,我们可以使用 R 中的 `hclust()` 函数执行 DBscan 聚类。

步骤 5:生成的“hc”对象存储后续步骤所需的所有信息。

步骤 6:绘制散点图,我们可以通过在 R 中绘制散点图来可视化我们的聚类。

示例

#install.packages("fpc")
# Load the fpc package
library(fpc)

# Load the iris dataset
data(iris)

# Standardize the iris dataset
iris_std <- scale(iris[-5])

# Calculate the distance matrix using Euclidean distance
distance_mat <- dist(iris_std, method = "euclidean")

# Create DBSCAN clusters
db_cl <- dbscan(distance_mat, eps = 0.5, MinPts = 5)

# Perform hierarchical clustering using Ward's method
hc <- hclust(distance_mat, method = "ward.D2")

# Plot the resulting dendrogram
plot(db_cl, iris_std, main="ed")

输出

结论

DBSCAN 提供了一种极好的替代方案,可以揭示复杂数据集中隐藏的模式,而无需依赖预定义的距离或假设聚类的特定形状。凭借其能够自动识别噪声和离群值,同时能够灵活地处理单个分析中的不同密度水平的能力,DBSCAN 在各个领域都证明了其价值。

更新于: 2023-07-28

289 次浏览

开启您的 职业生涯

通过完成课程获得认证

开始
广告