Biopython - 基序对象

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序列基序是一种核苷酸或氨基酸序列模式。序列基序是由氨基酸的三维排列形成的，这些氨基酸可能不相邻。Biopython 提供了一个单独的模块 Bio.motifs 来访问序列基序的功能，如下所示：

from Bio import motifs

创建简单的 DNA 基序

让我们使用以下命令创建一个简单的 DNA 基序序列：

>>> from Bio import motifs 
>>> from Bio.Seq import Seq 
>>> DNA_motif = [ Seq("AGCT"), 
...               Seq("TCGA"), 
...               Seq("AACT"), 
...             ] 
>>> seq = motifs.create(DNA_motif) 
>>> print(seq) AGCT TCGA AACT

要计算序列值，请使用以下命令：

>>> print(seq.counts) 
         0       1      2       3 
A:    2.00    1.00   0.00    1.00 
C:    0.00    1.00   2.00    0.00 
G:    0.00    1.00   1.00    0.00 
T:    1.00    0.00   0.00    2.00

使用以下代码计算序列中的“A”：

>>> seq.counts["A", :] 
(2, 1, 0, 1)

如果要访问计数列，请使用以下命令：

>>> seq.counts[:, 3] 
{'A': 1, 'C': 0, 'T': 2, 'G': 0}

创建序列标识

我们现在将讨论如何创建序列标识。

考虑以下序列：

AGCTTACG 
ATCGTACC 
TTCCGAAT 
GGTACGTA 
AAGCTTGG

您可以使用以下链接创建自己的标识：http://weblogo.berkeley.edu/

添加上述序列并创建一个新的标识，并将名为 seq.png 的图像保存到您的 biopython 文件夹中。

seq.png

创建图像后，现在运行以下命令：

>>> seq.weblogo("seq.png")

此 DNA 序列基序表示为 LexA 结合基序的序列标识。

JASPAR 数据库

JASPAR 是最流行的数据库之一。它提供任何基序格式的读取、写入和扫描序列的功能。它存储每个基序的元信息。Bio.motifs 模块包含一个专门的类 jaspar.Motif 来表示元信息属性。

它具有以下值得注意的属性类型：

• matrix_id - 唯一的 JASPAR 基序 ID
• name - 基序的名称
• tf_family - 基序的家族，例如“螺旋-环-螺旋”
• data_type - 基序中使用的数据类型。

让我们在 biopython 文件夹中创建一个名为 sample.sites 的 JASPAR 站点格式。其定义如下：

sample.sites
>MA0001 ARNT 1 
AACGTGatgtccta 
>MA0001 ARNT 2 
CAGGTGggatgtac 
>MA0001 ARNT 3 
TACGTAgctcatgc 
>MA0001 ARNT 4 
AACGTGacagcgct 
>MA0001 ARNT 5 
CACGTGcacgtcgt 
>MA0001 ARNT 6 
cggcctCGCGTGc

在上面的文件中，我们创建了基序实例。现在，让我们从上面的实例创建一个基序对象：

>>> from Bio import motifs 
>>> with open("sample.sites") as handle: 
... data = motifs.read(handle,"sites") 
... 
>>> print(data) 
TF name None 
Matrix ID None 
Matrix:
            0       1       2       3       4       5 
A:       2.00    5.00    0.00    0.00    0.00    1.00 
C:       3.00    0.00    5.00    0.00    0.00    0.00 
G:       0.00    1.00    1.00    6.00    0.00    5.00 
T:       1.00    0.00    0.00    0.00    6.00    0.00

在这里，data 从 sample.sites 文件读取所有基序实例。

要打印 data 中的所有实例，请使用以下命令：

>>> for instance in data.instances: 
...    print(instance) 
... 
AACGTG 
CAGGTG 
TACGTA 
AACGTG 
CACGTG 
CGCGTG

使用以下命令计算所有值：

>>> print(data.counts)
            0       1       2       3       4       5 
A:       2.00    5.00    0.00    0.00    0.00    1.00 
C:       3.00    0.00    5.00    0.00    0.00    0.00 
G:       0.00    1.00    1.00    6.00    0.00    5.00 
T:       1.00    0.00    0.00    0.00    6.00    0.00
>>>